Der Gymnasialzweig bietet den G9-Bildungsgang an und umfasst die Jahrgangsstufen 5-10. Er baut als weiterführende Schulform auf der Grundschule auf und vermittelt eine breite und vertiefte Allgemeinbildung. Dazu gehören ein solides Grund- und Fachwissens in den verschiedenen Fächern aber auch die Entwicklung und Erweiterung der Sozial-, Personal- und Lernkompetenz der Schülerinnen und Schüler. Das Ziel der gymnasialen Ausbildung in der Mittelstufe ist es, die Schülerinnen und Schüler so vorzubereiten, dass sie erfolgreich am Unterricht der gymnasialen Oberstufe teilnehmen und dort dann nach weiteren 3 Jahren das Abitur ablegen können. Der erfolgreiche Besuch der 10. Klasse berechtigt nicht nur zu Besuch der gymnasialen Oberstufe sondern umfasst gleichzeitig auch den Abschluss  der „Mittleren Reife“ , so dass die die Schülerinnen und Schüler mit dieser Qualifikation alternativ auch eine Berufsausbildung beginnen können. Neben dem Pflichtunterricht, der durch die Stundentafel vorgegeben ist, hat die Gesamtschule Niederaula ein eigenes gymnasiales Profil entwickelt, das den Schülerinnen und Schülern eine individuelle Schwerpunktbildung ermöglicht.

Das gymnasiale Profil bietet folgende Angebote und Möglichkeiten:

• Im 5. Schuljahr haben alle Schülerinnen und Schüler je eine zusätzliche Stunde Deutsch speziell für die Leseförderung (vgl. Lesekonzept der Gesamtschule Niederaula) und zwei Stunden „Digitale Welt“.
• Das Musikkonzept im 5. und 6. Jahrgang mit den Gruppen „Chor“, „Instrumentalgruppe“ und „Kreativgruppe“, in die sich die Schülerinnen und Schüler einwählen, beabsichtigt, dass neben dem Fachcurriculum auch die musikalischen Neigungen der Schülerinnen und Schüler berücksichtigt und gefördert werden können.
• In Klasse 5 beginnen die Schülerinnen und Schüler mit der ersten Fremdsprache Englisch. In Klasse 7 kann dann als 2. Fremdsprache Latein oder Französisch gewählt werden.
• In allen Jahrgangsstufen werden fächerübergreifende und fächerverbindende Unterrichtsprojekte durchgeführt.
• Das Profil „Ästhetische Bildung“ mit den Fächern Kunst, Musik, und Darstellendes Spiel wird  für die Klassen 9/10 im Rahmen des Wahlpflichtunterrichts angeboten.
• Alle Schülerinnen und Schüler des 8. und des 9. Jahrgangs durchlaufen jeweils ein zweiwöchiges Betriebspraktikum zur Berufs- und Studienorientierung, das entsprechend im PoWi-Unterricht vorbereitet, begleitet und nachbereitet wird. Hierzu ist eine zusätzliche "Praktikumsstunde" in der Stundentafel eingeplant.
• Der erfolgreiche Besuch der Klasse 10 berechtigt zum Besuch der gymnasialen Oberstufe und beinhaltet den Abschluss der „Mittleren Reife“.
• Schülerinnen und Schüler können bei entsprechenden Leistungen in jeder Jahrgangsstufe in den Gymnasialzweig wechseln, da die Fachcurricula der verschiedenen Schulzweige aufeinander abgestimmt sind. Voraussetzung ist, dass die Schülerinnen und Schüler die 2 Fremdsprache belegt haben.

 Darüber hinaus gibt es eine Reihe freiwilliger Unterrichtsangebote:

• Von Klasse 7-10 haben die Schüler die Möglichkeit den „Bilingualen Unterricht“ zu besuchen.Er umfasst 2 Wochenstunden, in denen die Fächer Erdkunde, Geschichte, Biologie oder Politik und Wirtschaft in englischer Sprache unterrichtet werden. Am Ende der 10. Klasse erhalten die Schülerinnen und Schüler ein Zertifikat. Im 2. Halbjahr des 6. Jahrgangs wird ein Vorkurs „Bilingualer Unterricht“ (Schnupperkurs) angeboten.
• Der Fachbereich Englisch bietet Sprachreisen nach England an.
• Im Fach Französisch haben interessierte Schülerinnen und Schüler die Möglichkeit an der Sprachprüfung DELF teilzunehmen und ein entsprechendes Zertifikat zu erwerben.
• Im Rahmen des Wahlunterrichts werden verschiedene Arbeitsgemeinschaften, zum Beispiel aus den Bereichen Sport, Kunst und Musik, angeboten (siehe auch Ganztagsangebote).
• Am Nachmittag gibt es eine Hausaufgabenbetreuung von Montag bis Donnerstag.